经过各位参赞军务大臣的商量之后，以会办军务建极殿大学士高拱和帮办军务萝川侯马芳、英国公张溶、哈密伯李成梁等人具折朱载坖，提出了备战的方案。
第一点是粮秣、豆料的筹措，要在三屯营、遵化、广宁、辽阳等地兴建大型的仓库，用于囤积粮秣、草料和食盐等大军出征需要用的物资，同时加强从东南海运粮食，还有从暹罗、缅甸采购粮秣，通过海运直接运输到天津和辽东。
第二点就是大军行动的药物、军器的准备，根据马芳、李成梁等人的建议，大明重点准备防御蚊虫叮咬的药膏、防蚊的纱帽、雄黄等药物，还有就是防治腹泻的药物，根根他们多年行军用兵的经验，大军行进过程中造成非战斗减员最多的就是腹泻和痢疾，这种看起来并不严重的疾病往往会造成大量的非战斗减员，所以马芳等人要求准备大量的治疗腹泻、痢疾的药物，还要准备正常的止血、金创药物等。
第三点就是情报侦察，分为两个部分来进行，对于朵颜三卫中心向大明和近边的一些小部落，要予以拉拢，在蓟辽等处开设马市，对他们实行计口售粮，允许他们用马匹、情报等向大明交换他们所必须的各种物资，从他们的口中打听土蛮和朵颜三卫的具体情形。当然大明也要派遣尖哨、夜不收等前出哨探，查探相关的情报。
朱载坖对于这三点都予以准允，发转蓟辽总督谭纶和提督蓟辽大宁军务戚继光，要求他们造此办理，所需经费具奏拟来，同时朱载坖下令从暹罗等处收购大米的总量从每年三十万石增加到一百万石，责成中南总督殷正茂与各国商量此事。
谭纶、戚继光等人收到奏疏之后，很快向朱载坖回奏，阐述了他们两人对于土蛮和朵颜三卫的看法，现在朵颜三卫中最敌视大明的就是董狐狸和长秃两人了，因为他们的父亲影克为大明所擒杀，他们心心念念的就是为父报仇，而这几年他们扩张势力，现在两人的麾下已经有三万余骑了，要是再和土蛮部联手的话，那就能够轻易聚集起五万骑，这对大明来说是一个不小的威胁。
所以谭纶和戚继光认为，与其等待董狐狸和长秃聚集兵马进犯大明，不如主动出击，在探知两部的位置之后，率大军征讨。
朱载坖同意了他们两人的计划，要求他们想办法确定两部的位置，在制定周密计划，上奏朱载坖之后，准备对他们两部进行打击。
在朱载坖的支持下，练兵军务处开始办公了，朱载坖赋予练兵军务处的第一个重要的差事就是对御马监禁兵、京营、亲军诸卫、蓟镇、辽东镇、宣府镇官军的训练和装备水平进行检查测试，同时核查各地的军储是否充实，战马是否足数，军器弹药是否充足。