公元二一一五年，在多民族融合的「紫原公國」裡，孩子們的幻想幾乎被抹殺。大型公共組織「好孩子建設公司」的領導下，越來越多的優等生被製造出來，洗腦，然後上戰場，討伐占全體人口近30℅的族群「異形」，而不順從該公司的人，一律通稱「壞孩子」。一連串血腥的鎮壓後，僅剩一處山中的要塞「千代目中學」以及為數不多的異形共濟會頑強抵抗。由於在討伐者培育學校「藤井齋」中不得志，年僅十二歲的少女．彩瀨圓香來到千
