但是现在李皇后提起，朱载坖不能不有所反应，朱载坖只得表示他思虑好了之后再作决定。
而严世蕃也来奏请，得益于西洋锯床的使用，镇、定二舰进展顺利，严世蕃预计到今年九月，两舰就可以下水了，严世蕃请求朱载坖驾临天津，观摩这艘大明现在最大的战舰。朱载坖御批，等下水时再上本奏请，同时要求严世蕃加快隆庆六年式燧发火铳的生产，现在每年能够交付官军的火铳，仅有五六千，朱载坖认为这远远不足官军使用，要想办法提升产量。
朱载坖正在处理这些事情，但是户部的一帮官员就开始闹起来了，因为朱载坖在之前的厘定官职的诏书中，并没有将提督海关衙门列入其中，很多户部官员认为，海关应该直接由户部管理，因为现在海关关税可是大明最大的现银收入来源，而朱载坖再之前的诏书中并没有将提督海关衙门给定下来，这绝不可能是朱载坖的疏忽，所以之前就有一帮户部官员上疏认为应该撤销提督海关衙门直接由户部管理。
而胡宗宪也以老病请辞，朱载坖批准了胡宗宪的请辞，加胡宗宪少保、兵部尚书赐驰驿护送回乡，同时任命原协理海关徐渭升兵部左侍郎兼户部左侍郎提督海关衙门，原辽东巡抚张学颜为右副都御史、协理海关衙门。
户部则继续上疏，认为海关乃是太仓财源，应当由户部直接管理，不必另设衙门，他们显然是会错了朱载坖的意思，朱载坖之所以没有在之前的诏书中将提督海关衙门列入，并非是因为朱载坖想将海关交给户部直接管理，而是因为朱载坖认为海关衙门实在是太过重要，朱载坖一时半会还没有想好应该怎么处理。
朱载坖也很清楚，提督海关衙门仅仅是一个临时机构，海关肯定是要设立一个朝廷正式机构加以管理的，但是怎么设立，职权范围多大，这些事情朱载坖还没有完全想好，海关并入户部是绝不可行的。
朱载坖召集内阁和六部重臣，商量有关海关的问题，海关的重要性自然是不言而喻的，现在海关关税已经是大明重要的财政来源，太仓赖以开支，所以户部认为，直接由户部管理海关是最为合适的。
兵部尚书汪道昆则认为，海关缉私，有大量业务都和兵部有关，户部能管，兵部也可以管啊，要知道现在提督海关大臣还兼着兵部左侍郎呢，所以汪道昆认为兵部也可以管海关，户部尚书刘体乾自然是不干的。
而朱载坖的想法则是设立专司予以管理，而且是和六部衙门平级的二品衙门。