朱载坖的想法是对卫所逐步进行改革，最终将卫所取消，军户变为百姓，才是目的，只是现在军户数量十分庞大，骤然予以改革，显然不是一个好办法，朱载坖准备以山东都司作为试点，将脱产军队和军户分开，脱产的班操京军属于朝廷的经制之兵，而普通军户和所谓的世袭军官则是逐步的平民化。
同时经过改革之后，朝廷军官的主要来源是武举和国子武学的军官，而不再是卫所的世袭军官的。
练兵军务处很快就拟定山东都司的改革方案，主要是对山东的军屯予以清理，减轻军屯的科则，将军屯土地的赋税都地方统一收取，取消都司的财政权力，同时解放这些军户们，避免卫所军官役使这些军户。
京操班军减为两万人，其余的所有正军，不管是守城、还是运粮军士，全部脱产，按月发给军饷、月粮，屯田军士放归家中分给土地，照民田起科就行了。
按照练兵军务处的规划，经过改革的山东都司，军事和财政职能都被大大弱化，主要负责从军户中征募合格的士卒，更多的成为一个兵役机关，同时他们正军、军余子弟 、舍人的户籍，负责在农闲时组织军余子弟、舍人等进行军事训练，负责官军的预备役。
而实际负责作战的则是地方的镇守总兵官，将作战部队和预备役、军户分开，是这次对卫所制度的一个重大改进，现在其实朝野都很清楚，卫所兵不能上阵作战，真正能够上阵作战的，也都是九边和京营的脱产军人，朱载坖和练兵军务处的参赞军务大臣们商量之后，认为要降低大明军队的总员额，提高战斗力。
原本大明官军总员额极为惊人，高达二百多万，但是实际上有战斗力的并没有多少，大明军队纯粹是虚胖，所以朱载坖要练兵军务处，接下来就是汰虚精实，将官军的总员额减少，提高官军的战斗，保留全脱产的军士。
除了对卫所进行改革之外，朱载坖还提出将水师单独升格为一个军种，设立专门的衙门管理水师，现在水师的地位仍然不够高，在朝廷重臣们眼中，水师还是不如精骑重要，从各地提督军务总兵官的选择上就可以说明此事，陆路总兵升任提督是正常的，但是水师总兵则基本不可能升任提督。
在兵部和朝廷的眼中，水师还是给陆军打下手的，但是朱载坖显然不是这么看的，对于朱载坖来说，他很清楚水师在日后的作用，绝不仅仅是从暹罗、占城将粮食运输到大明这么简单，水师要承担起为大明拱卫海疆，御敌于国门之外的重任。
但是朱载坖将自己的想法说了之后，不管是内阁还是参赞军务大臣都认为水师单独成军似有不妥，但是现在水师的指挥方式确实是有问题的，水师在海上作战，应该以海域作为水师的信地，但是现在大明水师的防区还是以大明的行政区划作为防区划分的依据，这点不仅是朱载坖，俞大猷等人也认为这样不若。