而张居正还建议，将地方推官单独设立官署，用以审判案件，这个建议也得到了朱载坖的认同，命令各州县要为推官单独设立官署，不与州县衙门在一起，以便推官的审断不受正印官的影响。
除此之外，对于地方官制的改革主要在于行政区划的调整，朱载坖和内阁商量之后认为现在大明的行政区划都是太祖时制定的，一些州县人口滋生，若仍旧按照原来的州县设置显然不妥，还有一些地方原本是卫所，但是日渐兴盛之后形成大的城市，再由原来卫所进行管理已经不合适了，所以朱载坖命令内阁、户部、吏部、兵部等详细商量，对大明的行政区划进行调整。
最明显的就是天津三卫了，原本这里只是因为成祖靖难时驻跸过，将此地更名为天津，即天子之渡口之意。在三岔河口西南的小直沽一带，设卫筑城。但是现在天津已经成为北方雄镇，再仍旧由卫所管理显然不合适，所以朱载坖在和内阁等商议之后，决定设立天津府，下辖天津、盐山、青县、庆云、南皮和静海六县和一个直隶州沧州。朱载坖决心以此为契机，重新厘定大明的行政区划。
在中央官制方面，朱载坖主要做的是将原本的由朱载坖设立的临时官署完全正规化，确定品级，明确下属单位的权力范围，主要是历代先帝和朱载坖即位以来设立的各个衙门，属于吏部的有吏部流外铨选院，属于户部的最多，总督仓场、总督粮储、总理盐政、提督钞关、提督海关，属于礼部的理藩院，属于刑部的提督巡检司，朱载坖命令将这些衙门全部正规化，职掌写入会典，不再是朝廷的临时衙门，而是朝廷的正式官署。
除此之外朱载坖今年的一个大动作就是准备恢复京操班军，京操班军原本是京营的主力，也是京营兵力的主要来源，班军者，卫所之军番上京师，总为三大营者也，永乐十三年，成祖下旨，河南、山东、山西、陕西各都司，中都留守司，江南、 北诸卫官，简所部卒赴京，以俟临阅。京操自此始。
按照成祖的规定，京操班军的员额是十六万，这些从地方拣选而来的卫所精壮之士，一方面在京营接受训练，准备出征，另一方面也是加强京师的实力，防止出现外重内轻的局面，同时使地方无事的内地都司卫所得以训练，能够保持一定的战斗力。
原本这是一个非常好的制度，但是实际执行中确实不断走样，首先就是卫所军士的大量逃亡，还有地方都司对于京操的抗拒，地方各都司卫所对于京操都是极为抗拒的，成祖在时，尚能够压制这些反对之声，强硬的将京操推行下去，等到成祖驾崩，各都司卫所就开始敷衍塞责，以种种理由抗拒京操。
同时朝廷对这些京操军士也是一言难尽，往往让他们役作苦工，使得军士们对于京操也十分抗拒。